其收费标准主要依照2004年劳动和社会保障部颁布的《企业年金试行办法》（第23号令）而定。该办法第八章明确提到：受托人、托管人和投资管理人分别提取的管理费不高于受托财产基金净值的0.2%、0.2%和1.2%，账户管理人的管理费按每户每月不超过5元人民币的限额。

平安养老保险公司总经理赵卫星曾坦承，在以委托人为导向的年金市场，为了在大型项目的招投标中取胜，有些管理机构过度承诺低收费甚至零收费，万分之几的管理费非常普遍。

四个角色组成的信托模式初衷是为了发挥相互监督、相互制衡的制度效应，按照23号令规定，受托人负责选择和更换账户管理人、托管人和投资管理人。

但实际情况并非如此，“委托人为导向的市场中，虽然我们拥有受托人资格，但是一般客户在选择管理人的时候会对不同的资格管理人从头选到尾，受托人对其他管理人的选择一般没有太多发言权。”一位年金管理机构人士称。

对此，另一年金管理机构负责人认为，采用信托模式是正确的选择，但将资格分拆得过于细碎，无形抬高了建立企业年金的成本。并且收费结构不太合理，年金管理机构的营销费用没有列支的渠道。这位人士建议，最好能够设置初始费用，类似基金行业的认购费，用以支持年金高昂的营销成本，让机构分享制度性红利。管理部门也注意到了企业年金领域的血拼场面。

2009年3月，人社部下发《关于规范企业年金基金管理服务的通知》指出，以零收费或低于成本的价格承诺向客户提供服务，以折扣、折让或管理费返还等形式变相降低收费标准的企业年金基金管理机构，将视情况采取监管谈话、暂停接收新的企业年金基金管理业务等措施，直至取消企业年金管理资格。

年金管理机构也以自律公约的方式进行自救。一年金管理机构人士透露，“各群组就各业务资格的收费底线进行了‘自律’，或者企业招标时入围投标的机构事先约定一个价格，基本是在劳社部规定的上限基础上打五折。”

但无论是《通知》还是自律，都不具有强制性，争夺份额的冲动仍然占了上风，“逐渐开始有人违背，所谓的自律也就逐步瓦解。”上述人士称。2009年底人社部举办的企业年金会议上，设定管理费下限曾被明确提出，但至今未见规定出台。