而在实际运行中，多渠道的筹资机制普遍匮乏，除少数地区通过财政拨款以及民政救助金补贴，大部分地区的大病保险基金完全来自于同期的新农合基金，而新农合基金自身已面临支付压力。
2014年漾濞县的新农合基金支出率达到95%，而汉源县2014年的新农合基金基本没有结余。
在新农合基金捉襟见肘的情况下，还需承担大病保障的功能，不仅影响基本医保的受益范围和受益水平，同时也影响了大病保险的制度设计。
实施方案既要保障受益面，又要最大限度提高保障水平，如何“两全”成为难题。
一些地区无奈只能采取保守措施。例如，2012年至2014年，雅安市曾出台政策，对先天性心脏病患者医疗费用的支付标准为合规费用的80%，对贫困家庭则支付100%。但在实施大病医保政策后，上述规定被取消，“政策需要在保障新农合资金绝对安全的前提下制定。”任丽表示。
此外，国家要求地方将大病医保交由商业保险公司经办。在雅安市，当地政府选择了中国太平保险公司作为合作对象，后者承办大病医保，承担经营风险，自负盈亏，然而商办保险优越性在实际操作中打了折扣。在汉源县办公的太平保险公司工作人员仅有一人，他坦承，自己根本无法对医疗机构、医疗服务、医疗费用进行监管，而且对参保人员的就医需求变化也不能及时了解。目前，他只负责对意外事故进行审核，其余工作继续由当地新农合工作人员承担。
对新农合工作人员而言，机构不健全、人员不稳定、工作量大、异地核查难等问题依旧存在。在责、权、利不对等的前提下，市场很难发挥出控制成本的内在动力。
对此，锁凌燕表示：“在大病保险制度中引入商业保险机构，就是认为商业机构能够发挥效率优势，借助医疗费用支付者的地位，加强对相关医疗服务和医疗费用的监控。如果这方面做不好，大病医保的持续性就很差”。而漾濞则完全由大理州政府统筹管理，在锁凌燕看来，这种模式更容易陷入“官设、官办、官管、官督”的组织管理模式，体系运转不透明，对民众需求的响应迟缓，从而导致效率低下。
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