该企业实际按工资总额40%的比例为李某缴付养老保险2000元（5000元 40%），按当地政府规定，缴纳基本养老保险应为工资的20%，也就该企业为李某的基本养老保险应缴纳1000元（5000元 20%），这意味着该企业超标准为李某支付了养老保险1000（2000－1000）元。
按照财税〔2006〕10号文件的规定，李某养老保险个人负担部分不超标可按规定扣除，但对单位超过规定比例为其负担的1000元养老保险应并入其当期的工资、薪金收入，合并计征个人所得税。
为更形象地计算，假设不考虑各类社保扣费，李某该月实际上应该缴纳个人所得税为：【（5000+1000）（应纳税总额）-2000（个税费用扣除额）】*15%（对应的个税税率档次）-125（该档速算扣除数）=475元。
案例2：企业年金的个人所得税如何计算缴纳？
某公司从2009年1月份起建立企业年金基金，企业缴费部分为上年度职工工资总额的4%，个人缴费部分为4%。
该公司员工赵先生，2009年 12月份工资、薪金收入为6000元（为方便计算，不考虑社会保险费等的扣缴），企业为其代扣企业年金240元，企业缴费的企业年金为240元，则赵先生的个人所得税应根据上述原则做如下计算扣缴。
2009年12月当月，赵先生的工资、薪金收入6000元（为方便计算，不考虑社会保险费等的扣缴），企业应为其代扣代缴个人所得税为：6000-2000（个人所得税费用扣除额为2000元） 15%（对应的税率等级）－125（对应的税率等级的速算扣除数）=475（元）。
显然，赵先生的工资（薪金）与企业年金部分是分开作为两笔工资（薪金），单独计税的。
企业为赵先生缴纳的年金部分为240元，因为企业年金没有费用扣除额的优惠，240元对应的是个人所得税第一档税率5%，该档速算扣除数为0，因此这部分应缴纳个人所得税为：240 5%=12（元）。
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