在基本药物制度执行过程中，也还存在着一些困难和问题。
一是基本药物招标中普遍采用技术标和商务标“双信封”的方法。
二是在基本药物招标中进行二次议价时，个别省份出现脱离国家指导价格，不区分产品的科技含量和生产成本，采用“切一刀”式的强制降价，使优质药物不能公平参与竞争，甚至产生由于超低价中标影响基本药物质量的用药安全问题。
三是基本药物在基层医疗终端的配送率、终端基本药物销售占有率，以及二、三级医院基本药物使用率等指标在一些省份还达不到国家的要求，基本药物还不能实现广覆盖。为此，闫希军代表在《关于确保基本药物质量标准和终端配送的建议》中提出：
一、在基本药物招标制度中增加更加具体、全面的评价体系，不唯价格论。建立药理经济学评价体系，尊重国家指导价格，在议价过程中根据药物科技含量、产品质量、社会需求等因素建立差异化评价体系。
二、基本药物要体现保障、覆盖、疗效三个基本要素，也要保证让百姓吃到质量优良的放心药品。包括化学药、生物药、现代中药等在内的一些独家创新药物，在促进人民健康水平提高等方面，发挥了不可替代的作用。应鼓励这样一批独家品种，在基本药物保障体系中成为不可缺少的重要组成部分。
三、完善基本药物终端配送体系，保证优质基本药物广覆盖。根据需要引入邮政系统等第三方物流企业参与药品配送，降低药品的配送成本，满足基层医疗机构采购药品的需求和时效。
对于我国近年来不断发生的各种学术不端行为，闫希军代表深恶痛绝。他认为，学术不端行为严重损害了我国的学术诚信，在国内外产生了极其恶劣的影响，为腐败提供了温床，制约了通过科技创新提高国家竞争力。尽管有关部门采取了各种措施加强学术道德和学风建设，但一些规章制度约束效力仅限于道德层面，约束范围限于体制内的成员，主要是指导、建议或劝诫的作用，缺乏法律强制性、权威性。
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