基本药物（含增补）目录与“新农合”医保目录实际应用已经出现矛盾冲突，但却没有相应的政策予以解决，这必然会导致基层医疗机构不合理用药现象的增加。
目录统一利好明显
“基本药物目录”、“基本医保目录”和“‘新农合’医保目录”作为推进基本药物制度建设，维护城镇职工、居民和广大农民健康保险合理利益，实现全民医保覆盖的三类主要的保障性药品目录，应该逐步趋向整合或统一。
这不仅仅是规范医疗保险事业管理、强化卫生经济科学控制的客观需求，也是最终真正实现全民医保（公平体系）的关键。在后续的新医改配套政策中，国家和地方相关部门应该创造条件，积极探索和加强监管，努力推进不同药品目录规范管理的“统一进程”。
首先，在过渡阶段，相关部门应尽快出台“省级‘新农合’医保目录”管理指导办法和“地方基本药物目录”、“地方基本医保目录”运行监管规定，定期评价和通报地方目录运行质量情况，确保各类目录制定和运行的科学性和严谨性。
二是从逐渐规范、公平角度考虑，三类药品目录宜合理对接整合。现阶段出现的“新农合”乡镇以下用药目录与基本药物目录的矛盾冲突，已经说明整合不同药品目录的必要性和必然性。
随着城镇化进程的加快，“新农合”医保目录和基本医保目录宜对接整合，国家和地方基本药物目录与国家和地方基本医保目录甲类范围宜对接整合，“新农合”医保目录乡镇以下范围与基本药物目录宜对接整合。
同时，也需要考虑合理扩大国家基本药物数量范围，满足基层医疗机构正常用药需求，严格限制地方基本药物增补目录比例（例如参照国家基本医保目录地方增补限制比例15%），保障基本药物的平衡、规范应用；合理界定不同级别医疗机构医保药品报销的差别比例，适当拉大报销差距，鼓励在基层医疗机构首诊就医，促进科学、合理、经济地使用医保药品。
三是各类药品目录宜尽快走向统一管理。可以尝试成立全国性的医疗保险监管中心进行整合统筹监管，逐步将现有政府办医疗保险机构转制为公益性事业单位，纳入监管中心管理；另外，积极探索商业保险公司规范承担部分医疗保险业务，形成以公益性为主，多种机制并存，体现竞争活力的全民医疗保险保障体系。
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