功能应用上，社会保障卡具有信息记录、业务经办、电子凭证和信息查询等基本功能，它记录持卡人的基础信息和相关业务信息，持卡人可以持社保卡通过联机或脱机办理劳动就业、培训和各项社会保障事务，社保卡可以作为电子凭证用于个人身份认证，持卡人可以通过社会保障卡服务网点的读卡设备查询本人的基础信息、就业信息和各项社会保险方面的信息，通过社保卡可以在劳动保障部门办理的事务包括：就业登记、失业登记、申领失业保险金、求职登记、申领养老保险金，申领生育保险金、参加政府经费补贴的职业培训项目、申请劳动能力鉴定、申请执业资格鉴定、在基本医疗保险定点医疗机构就医、在定点零售药店配药或者购药、有关医疗费用的另行报销、其它持卡可以办理的劳动和社会保障事务；医保卡则只对持卡人进行记录和储存个人医疗帐户资金及使用情况，在基本医疗保险定点医疗机构就医和在定点零售药店配药或者购药，除此之外没有包含其它社会保障之类的事务。
社保卡目前主要应用在基本医疗保险领域。一般而言，和传统的医保卡相比，社保卡最大的好处是可以实时结算。
以深圳市为例，以往参保人员需先行垫付，报销过程至少需要两三个月。对于医院和用人单位来说，医院门诊医疗费用须由人工进行审核结算，用人单位得收集和整理费用单据后到经办机构才能报销，这无形之中增加了很大的工作负担。
有了社保卡之后，参保人员不用拿着大量的现金去医院就诊了，因为社保卡实现了“零垫付”。持卡就医后，患者只负担个人自付、自费的医疗费用，应报销的费用由医疗机构与医保部门直接结算。过去往往几个月才能解决的报销难问题，现在可能只需要几十秒钟就能轻松解决了。
医保卡所带来的另一大弊病是各家医院“各自为政”，不同医院之间的就诊卡无法相互通用，给患者就医带来不便。
社保卡则可以替代就诊卡，实现就医“一卡通”。由于社保卡具有信息记录和信息查询的功能，患者历次就诊的数据可以存储起来，社保卡也就成了一份连续记录的“电子病历”，有利于医生更好地了解病史和进行诊治。
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