社保卡目前主要应用在基本医疗保险领域。一般而言，和传统的医保卡相比，社保卡最大的好处是可以实时结算。以深圳市为例，以往参保人员需先行垫付，报销过程至少需要两三个月。对于医院和用人单位来说，医院门诊医疗费用须由人工进行审核结算，用人单位得收集和整理费用单据后到经办机构才能报销，这无形之中增加了很大的工作负担。
有了社保卡之后，参保人员不用拿着大量的现金去医院就诊了，因为社保卡实现了"零垫付"。持卡就医后，患者只负担个人自付、自费的医疗费用，应报销的费用由医疗机构与医保部门直接结算。过去往往几个月才能解决的报销难问题，现在可能只需要几十秒钟就能轻松解决了。
医保卡所带来的另一大弊病是各家医院"各自为政"，不同医院之间的就诊卡无法相互通用，给患者就医带来不便。
社保卡则可以替代就诊卡，实现就医"一卡通"。由于社保卡具有信息记录和信息查询的功能，患者历次就诊的数据可以存储起来，社保卡也就成了一份连续记录的"电子病历"，有利于医生更好地了解病史和进行诊治。
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