除了一些细节上不同外，农村合作医疗报销流程可以分为如下几个部分：
1、门诊补偿：
（1）村卫生室及村中心卫生室就诊报销60%，每次就诊处方药费限额10元，卫生院医生临时补液处方药费限额50元。
（2）镇卫生院就诊报销40%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额100元。
（3）二级医院就诊报销30%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额200元。
（4）三级医院就诊报销20%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额200元。
（5）中药发票附上处方每贴限额1元。
（6）镇级合作医疗门诊补偿年限额5000元。
2、住院补偿
（1）报销范围：
A、药费：辅助检查：心脑电图、X光透视、拍片、化验、理疗、针灸、CT、核磁共振等各项检查费限额200元；手术费（参照国家标准，超过1000元的按1000元报销）。
B、60周岁以上老人在兴塔镇卫生院住院，治疗费和护理费每天补偿10元，限额200元。
