随着人口结构、经济和社会发展阶段的变化，当前
医疗保险制度的可持续运行面临前所未有的挑战。这突出地表现为
医保基金的局部性收支失衡，即在基金总体盈余的同时，部分地区职工医保、居民医保出现了不同程度的收不抵支。有关资料显示，在2013年，全国职工医保资金入不敷出的统筹地区有225个，居民医保资金有108个。另外，从全局来看，基金支出增长过快也带来隐形缺口压力，2014年职工医保支出增幅比收入增幅高1.1个百分点，居民医保高出9.0个百分点。如果这一趋势持续下去，医保基金可能将要面对难以为继的困境。
医疗保险制度可持续性削弱的原因
我国医疗保险制度面对的可持续发展难题是多方面因素共同作用的结果。
首先，我国人口快速老龄化遭遇经济增速换档期，二者交互作用，是导致医保基金收支压力的根本原因。自2010年起至21世纪中叶，我国将经历人口总量迅速下降和老年人口占比急剧攀升的“两面夹击”过程，人口快速老龄化、未富先老、人口年龄结构质变同时发生，人口形势严峻。与此同时，我国经济增速由高速转向中高速。这意味着，要满足老年人口日益膨胀的医疗支出需求，实现与支出相匹配的医保基金收入，无论是社会还是家庭都要付出更为艰巨的努力。
其次，医保制度间衔接不畅，统筹层次过低，导致医保基金的局部危机快速浮现。我国医保制度的三个组成部分一直以来都是“各自为政”，单独运行。城镇职工医保和居民医保归社会保障部门管理，新农合却在卫生系统的范围内，资金筹集模式、筹集标准、待遇标准都存在很大差距。这一方面加大了管理的复杂性，为人口流动设置了障碍，更为重要的是，加大了提高医保基金统筹层次的难度，使其只能维持在地市级统筹，甚至是县级统筹水平。低层次统筹导致各地间医保基金无法调剂余缺，实际上是缩小了医保基金的保险池，弱化了
社会保险同舟共济的功能，是与实行社会医疗保险制度的初衷相违背的。
再次，医保制度未建立起有效的控费措施。这一方面体现在，医保缴费中个人缴费比例过低，尤其是在城镇居民医疗保险和新农合中，财政补贴增幅一直高于个人缴费增幅，财政补贴在筹资总额中所占比例已由最初的一半左右上升至四分之三。这导致个人缴费与所享受的待遇之间关系微弱，无法激发参保人多缴费以及节省资金的意愿。另一方面，在医疗服务费用的支付方式上，我国现行的按服务付费的支付模式容易引发诱导消费问题，这很大程度上造成了医疗费用居高不下，医保资金浪费严重。
