二代健保最大的特色是，单笔超过一定额度的利息、股利、执行业务收入、房租及超过4个月的薪资奖金，都要再课2%补充保险费。
由于“二代健保法”规定补充保费采“就源扣缴”，由公司行号代替劳工扣缴。据了解，健保局与企业界座谈时，有不少企业反应，目前可掌握的二代健保讯息都属原则，还不了解补充保险费的细节规定，尤其部分企业过去都是高薪低报，员工可能也有兼职收入，该如何申报，让雇主满腹疑问。
“健保局”也发现与企业沟通过程中，部分业者配合度不高，许多业者对于就源扣缴做法倍感困扰，希望未来二代健保上路后，与财税单位与“健保局”连线、代为扣缴的部分，“健保局”能多负担责任，甚至全部由“健保局”负责。
邱文达坦承，业者配合度及财税单位连线问题，确实比较复杂，需要再突破，不排除二代健保上路时间再向后延。二代健保上路时程需征询新行政机构负责人及向台当局领导人马英九报告后才能拍板。
台卫生部门则表示，目前卫生部门仍以二代健保7月上路为目标，包括“全民健保法”施行细则以及攸关补充保费细节的保费办法，预计在两个月内出炉。
至于医药界关切的药物支付标准、医疗费用支付标准等30多项子法，“健保局”虽然已公告草案，但仍需举行公听会征求外界意见，再报当局卫生部门审核，赶7月上路确实有些赶。
如果2012年7月无法如期上路，第二个适合实施的时间点将会在2013年1月，在此之前，卫生部门也会加强与企业界的沟通。
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