两者并没有本质上的差别，都是企业补充养老保险。不同的是，企业年金由劳动和社会保障部主导和推动，团体商业养老保险是寿险公司或养老金公司开发的养老保险产品，前者比后者享受更多的税收优惠。因此需要从成本与风险角度比较两种模式的优劣。
企业年金采取信托管理方式，设受托人、投资管理人、账户管理人、托管人。从制度上把资金投资运作与资金存放分开，避免人为风险。但是它不能避免基金投资的市场风险，这种风险最终要由参与企业年金的职工承担；分开管理也带来管理成本的上升。
团体养老保险把所有功能集中养老保险公司或寿险公司一身，能够降低管理成本，并且根据协议保险公司可承担部分投资风险。但是透明度不够，保险行业形象欠佳也进一步影响社会对公司的信任。
另外，企业年金指定的管理机构数量太少，受托人仅仅5家，这远远不能满足中小企业建立企业年金的需求。寿险公司数量较多，大中小公司都有，能为不同企业量身定做职工养老保险计划。竞争能够提高效率和服务，促进市场竞争也是最好的监管方式。
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