（1）、健全制度。新型农村合作医疗基金应当由合作管理机构统一管理，建立新型农村合作医疗基金专用帐户，专款专用，严禁侵占挪用，各级财政、卫生部门要研究制定统一的基金财务会计制度，规范基金的核算和管理；规范基金封闭运行制度，健全基金支出的内部控制管理制度；加强对经办机构财务人员的培训和业务指导，提高经办机构财务人员业务能力；加大基金监督检查力度，将合作医疗基金的监督检查纳入年度工作计划，实行基金监督检查的制度化，保障基金安全运行。

　　（2）、公开信息。农村合作医疗办事机构要通过各种途径，定期向社会公布农村合作医疗基金的具体收支情况，保证参加合作医疗农民的参与、知情和监督的权利。县级人民政府可根据本地的实际，成立由相关部门和参加合作医疗的农民代表共同组成的农村合作医疗监督委员会，定期不定期地对农村合作医疗基金使用和管理的情况进行监督检查。定期在网上公布农村合作医疗最新政策、工作动态，确保新农合信息及时向农民和社会进行公示。

　　（3）、全程监督。建立基金支付预警系统，若基金支付超过某一数值或违规时，系统会自动报警；所有操作都在系统内留有工作"痕迹"，可随时对操作人员和基金收支过程及结果进行核查。使新农合资金监管由过去以"事后监督检查为主"转变为现在"事前、事中、事后相结合"的全程监控检查。强化财政部门和审计部门对农村合作医疗基金的监督检查。

　　3、报销

　　我国宪法规定，国家尊重人权，人权的首要权利就是生存权，人民不能因为没有钱而不能得到及时的治疗。合作医疗制度的目的首先应该是救命，其次才是防止致贫。因此应提高大病的报销比例，使农民的大病能得到及时救治，使农民最基本的生存权有保障。

　　建立电脑自动报帐制度。为加强医疗基金报销环节的管理，应当建立新农合信息系统，把合作医疗的各项政策、制度及工作要求融合、渗透到了计算机处理的各个环节中，控制传统方式中工作人员的自由裁量权。该不该报销、报多报少，不需要由哪个人来审批，由计算机自动处理，所有数据一经输入，系统将自动进行监控，网络又把数据迅速输送到中心，使暗箱作弊几乎无计可施。数据进入系统后，还具有不可更改性，有效杜绝和最大限度地降低了造假的可能，从而真实反映了合作医疗数据处理流程和确保"政策面前人人平等"，实现"阳光操作"的过程。

　　新农合信息系统在审核报销的同时，将参合农民的诊疗费用明细和发票内容自动保存，列成个人账目，并直接导入合作医疗管理中心的基金财务管理系统，自动进入会计电算化流程。这样，提高了财务决算的效率，规范了合作医疗的财务管理，又从技术上实现了合作医疗资金"收支分离、管用分开、封闭运行"的规程。同时，新农合信息系统采用了计算机联网管理、实时结报，参合农民出院时可一次性结算费用，免去了农民为报销医疗费用多次往返的劳累之苦，报费清单也一目了然。

　　五、医疗机构

　　随着医疗卫生事业的市场化，医疗服务机构由过去的事业单位逐渐演变成自负盈亏的经营实体，追求利润最大化日益成为这些单位的行动目标。有一些医疗机构为了实现快速高额盈利，往往采取提高药品价格、门诊费、住院费等多种费用，有些医疗机构甚至对患者小病大治、无病用药。这些不良行为导致了农民医疗费用支出的大幅上升，使原本积累数量就十分有限的合作医疗基金雪上加霜，给合作医疗制度的可持续发展带来了难度。

　　各级卫生行政部门要有效开展农村医疗机构及其服务行为的外部监管，建立定点医疗机构准入和退出机制。要根据基本诊疗和用药目录等严格监管医疗机构服务行为。通过采取单病种定额付费、按人头预付、医药费用清单制、加强结算审核、补偿报销情况公示等多种措施，有效监管收费行为，切实控制医药费用。

　　加强与完善新型合作医疗立法工作将进一步促进我国新型合作医疗制度的普及实施。做好新型合作医疗立法是我们现阶段解决三农问题、建设社会主义新农村的根本出路，也是实现十一五规划的必然要求。建立完善的新型合作医疗立法无疑会给我们国内环境以稳定、有序、繁荣、和谐的法律保障。