加强组织管理机构建设。
国家应当按照精简、效能的原则，负责和指导建立组织协调机构、经办机构和监督管理机构，克服管理上的松散、粗放等缺点。改变过去由某个部门独家办理的局面，要各相关部门共同协调，统筹出力。力求使这些组织管理机构能根据本地的实际情况选择合适的保障模式和控制医疗补偿费用，并能得到广大农民群众的认同。
确定合理的筹资水平。
筹资水平的确定是政府和广大农村居民双方经过考虑与估计，最终达到合作博弈的均衡。政府应当充分考虑当地财政能力和人民生活水平(支付能力)，并由政府和广大农民群众共同提出较为适当的筹资标准。在政府补助和自付积累金的确定上，两者之和要足以支付保险补偿金；在农村居民支付能力强的地区，政府少补贴一点，在农村居民支付能力弱的地区，政府多补贴一点。
选择合理的筹资方式。
筹资方式选择得合理与否关系到筹资效率和筹资成本的大小。如果政府对不同参保人群的收费标准不一样的话，不妨采用分工征缴方式，如政府对个人，地税对企业，教委对学生等等。如果各类人群的筹资方式是一样的，那么，各类人群都可以由一个征缴主体来管理。(4)转移支付体现公平。转移支付主要体现在政府补贴上。由于政府的财政收入更多地来自于较高收入的人群，所以，这里的补贴毫无疑问地体现了收入转移支付的思想。
主要表现在如下3点：
一是对不同发病可能的人群实行不同的标准，如对于工作危险和紧张程度高的企业职工收取较高的保险金，而对工作危险和紧张程度较低的农村居民收取较低的保险金；
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