新型农村合作医疗制度要在认真总结试点经验的基础上，加大工作力度，加快推进新型农村合作医疗制度建设步伐。当前和今后一个时期要着力做好以下几个方面的工作。
加快试点工作进度
2006年新型农村合作医疗试点县（市、区）覆盖面扩大到40%左右，2007年扩大到60%左右，争取2008年将这一制度在全国基本推行，确保2010年实现基本覆盖农村居民的总体目标。东部地区可以根据自己的实际情况，进一步加快步伐，一些有条件的地区逐步向社会医疗保障制度过渡。
提高财政补助标准
扩大中央财政补助范围。从2006年开始，中央财政对中西部参加合作医疗的农民补助标准在之前人均10元的基础上再增加10元，地方财政也要相应提高补助标准，农民个人缴费标准仍保持不变。另外，将中西部地区农业人口占多数的市辖区和东部地区部分省的试点县（市、区）纳入中央财政补助范围。逐步提高农民受益水平。
农村医疗管理
规范运行机制。在尊重农民意愿的基础上，积极探索合理、简便、有效的农民缴费机制。落实政府财政补助政策，建立新型农村合作医疗稳定筹资机制。进一步加强对合作医疗基金的监管，探索农民参与监督和民主管理的长效机制，规范运作，确保基金安全。在认真总结好的经验做法的基础上，调整和完善试点方案，规范运作机制，简化报付手续，保证便民利民。加强人员培训和信息化建设，提高合作医疗的管理能力和管理水平。
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