(一)以收付实现制为基础的会计核算存在制度性缺陷，不能反映基本医疗保险基金活动的真实结果
《社会保险基金的会计核算制度》第四条规定，社会保险基金的会计核算采用收付实现制，会计记账采用借贷记账法。基本医疗保险基金是社会保险基金的一个重要组成部分，也就意味着基本医疗保险基金的会计核算只能采用收付实现制。
这主要是考虑到将医疗保险基金纳入国家社会保障预算，以实际收到或支出的款项为确认标准，能如实反映国家社会保障预算的收入、支出和结存情况，防止社会保障预算虚收、虚支现象的发生。
在我国医疗保险基金会计核算的初期.其会计核算主要是记录基金的收入、支出和结余情况，用收付实现制可以比较真实地反映医疗保险基金的实际收支情况，在当时也是适用的。
但随着我国医疗保险制度的不断完善，医疗保险基金的会计核算已不单纯是基金的收入、支出和结余，还包括基金的监督和管理、保值和增值等情况，参保人、监督机构、管理机构也都希望获得更全面、真实的财务信息，如基金的筹集是否及时和足额，是否合理运用等。
而以收付实现制为基础的会计核算，只能反映医疗保险基金中以现金实际收支的部分，并不能反映那些应收未收的保费、应付未付的债务(借入款项的利息、个人账户的应计利息)等。
这些"隐性债权"和"隐性债务"在医疗保险基金的会计账务和报表中得不到反映，造成医疗保险基金的会计账务和报表不能准确记录、反映基金的资产、负债和运行情况，不利于防范基金支付风险。
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