法人受托模式是指由取得相应资格的金融机构担任受托人的管理模式，理事会受托模式是指由企业内部成立的年金理事会担任受托人的管理模式。二者存在许多不同之处，主要表现在以下几个方面：
委托人越位与缺位的问题由于年金理事会在企业内部产生，企业可能会出于某种原因对年金理事会进行行政干预，这就出现了委托人越位的问题，不利于保护受益人的利益。同样原因，理事会受托模式还可能出现委托人缺位的情况。因此，如何保证年金理事会有效地履行受托人职责、并且诚实守信将是理事会受托模式的一个重要课题。
而法人受托模式下，由于法人受托机构是独立于企业的外部法人实体，并独立承担责任，上述问题可在一定程度上避免。
从事受托管理的工作动力受托人应当以
企业年金基金受益人的利益最大化为原则进行管理，但在实际运作中，年金理事会比法人受托机构的工作动力要强。这是因为，年金理事会理事本身就是年金计划的受益人，年金计划的利益与自身利益是一致的。
损害赔偿的能力受托人是企业年金基金财产的责任主体，但年金理事会和法人受托机构作为企业年金基金受托人在承担责任的能力方面是不同的。
年金理事会是特定自然人组成的集合，其理事作为共同受托人共同处理企业年金基金事务并承担相应责任。但在实际运作中，在发生损害赔偿的情形时，难以追究具体责任人。
而法人受托机构在自身或其代理人发生违法、违规以及违反合同等行为时，其首先应承担全部责任，然后再对其他年金基金管理当事人的违约行为进行追偿。因此，在发生损害赔偿时，企业年金基金财产能够得到有效赔偿。
管理的专业性在法人受托模式下，受托人的专业性较强。企业年金基金法人受托机构是获得资格认定的、专业从事企业年金基金受托管理业务的金融机构，往往具有多方面的、专业水准较高的员工，在经验方面也具有优势，能够更好地履行受托管理的职责。
成本及规模效应由于企业年金基金管理所涉及的业务相当广泛，采用法人受托模式可以为企业节省很多人力成本和其他管理费用，充分把企业从复杂的年金基金管理事务中解放出来，以便其专心从事本企业财产的运营。特别是对众多中小企业而言，由于基金规模较小、参加计划人数有限等，理事会受托模式无法降低成本，实现规模经济。而法人受托机构可以同时受托多个企业的年金基金管理业务，提供社会化服务，这就从根本上实现了集团、行业、地区、乃至整个社会在企业年金基金管理方面的规模经济，节省了社会资源，规模效应非常明显。
