企业年金与商业保险的相同点在于，二者都是国家规定的强制实施的基本养老金之外的补充保险，都需要全额并入当月个人工资、薪金所得计算缴纳个人所得税，但计算方法不同。
（一）商业保险与个人当月工资薪金所得合并适用税率
《财政部国家税务总局关于个人所得税有关问题的批复》（财税〔2005〕94号）第一条规定，企业为职工购买商业性补充保险，应在办理投保手续时作为个人所得税的“工资、薪金所得”项目，按税法规定缴纳个人所得税。
例二，12月，季某工资4500元，扣除个人实际缴纳的基本养老保险、基本医疗保险费和失业保险费、公积金（均符合规定标准）后余3500元，假如企业不实行年金计划而是为季某办理商业保险，并已向保险公司缴纳费2000元，其中企业缴费1500元，个人缴费５00元，已由企业代扣代缴。则季某应纳税400元〔（3500+1500+500-2000）×15%-125〕。
（二）企业年金企业缴费部分单独适用税率
国税函〔2009〕694号第二条第一款规定，企业年金企业缴费部分应视为个人一个月的工资、薪金，且不与正常工资、薪金合并，也不扣除任何费用，而是单独按照“工资、薪金所得”项目计算当期应纳个人所得税款。这就是说企业年金企业缴费部分单独适用税率。
例三，12月，季某工资4500元，扣除个人实际缴纳的基本养老保险、基本医疗保险、失业保险和公积金（均符合规定标准）后余3500元，假如企业不为每位职工购买商业保险，而是实行年金制度，季某企业年金应缴费2000元，其中企业缴费1500；个人缴费500元，已由企业代扣代缴并已缴存到个人指定账户。季某应纳税295元〔（3500+500-2000）×10%-25+1500×10％-25〕。
由此可见，同样的应税金额，企业年金比商业保险节税105元（400-295）。税法规定企业年金计税时的特殊算法，体现了国家鼓励企业建立年金制度。
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