会议还部署了2014年卫生工作的重点安排，包括继续积极推进县级公立医院综合改革、全面推开新农合大病保险试点、全区县级及县级以上医疗机构应全部配备并优先使用基本药物、将社会资本办医纳入区域卫生规划和医疗机构设置规划统筹考虑等，进一步在全区保障各族患者寻医问诊的诉求与权益，逐步消除患者因病致贫、因病返贫的困境。
为了积极稳妥地推进公立医院改革，2014年新疆将贯彻落实《自治区医疗机构设置规划指导意见》，督促各地落实完善区域医疗机构设置规划，合理配置医疗资源，达到规划配置标准的地区要严格控制公立医院床位规模。
明确公立医院的功能定位，积极控制医药费用不合理上涨，督促落实医院财务会计制度，强化成本管理，将医院成本和费用控制纳入对公立医院的绩效考核。
同时，总结县级公立医院综合改革试点经验，以建立长效补偿机制、创新领导体制、运行机制，推进医药价格改革、建立符合行业特点的人才培养和人事分配制度、控制医药费用以及提高人员经费支出占业务支出的比例、提高医务人员待遇为重点，积极推进县级公立医院综合改革。
为进一步提升新农合制度的保障能力，2014年新疆将进一步扩大门诊统筹范围，提倡各地探索将慢性病门诊费用补偿机构由乡镇级扩大到符合条件的县级医疗机构。同时，提高新农合基金用于门诊补偿的比例，预计将在2013年的基础上再提高5-10个百分点。
提高新农合统筹层次，选择1-2个地区开展地（州、市）级统筹试点工作。全面推进22类重大疾病医疗保障工作，进一步提高实际补偿比；扩大救治范围，将符合救治条件的县级医疗机构纳入重大疾病定点救治医院范围。
此外，还将在新疆全面推开新农合大病保险（和讯放心保）试点工作，在认真总结试点地区工作经验的基础上，扩大实施范围。到2014年6月底前，新疆所有地州市启动新农合大病保险试点工作。
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