我国的基本医疗保障制度改革采取渐进方式，从部分人群开始设计制度，逐步推进，本身带有很强的阶段性和试验性，需要在实践中不断探索完善，不可避免存在一些局限。
(一)保障水平总体不高，人群待遇差距较大。
一是医疗保险虽然从制度上实现了全覆盖，但仍有1亿多人没有纳入医保体系，得不到基本医疗保障。
二是筹资和保障水平总体不高，部分重病患者参保后个人负担仍然较重。医疗保障范围以住院为主，常见病、多发病的门诊医疗费用统筹正在推进过程中。
三是城乡之间、区域之间保障水平不均衡，城镇居民医保和新农合待遇明显低于城镇职工医保，中西部地区与东部沿海地区待遇水平落差较大。以上3点表明公平性尚有欠缺。
四是多层次医疗保障制度不健全，只有部分人群有补充保险，商业保险产品与基本医疗保障衔接不够，医疗救助的能力也很有限，家庭因病致贫的现象时有发生。
(二)适应流动性方面不足。
一是医保关系转移接续困难。城乡基本医疗保险分属不同部门管理，参保人员在城乡之间、区域之间流动以及身份发生变化时，医保关系转移接续困难。
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