参加新型农村合作医疗的农民因病住院治疗，可获得住院期间包括药费、床位费、诊查费、护理费、治疗费、手术费、输液费、输血费、输氧费、常规影像检查以及常规化验（血、尿、大便常规）费用的补偿。
住院医疗费补偿设立起付线和封顶线，起付线标准为：镇级定点医疗机构80元，市中医院100元，市妇幼保健院150元，市一医院、市二医院、市三医院、泰康医院、南城卫生院城区部、开发区卫生院、卫校附院、爱普眼科医院200元，市外定点医疗机构500元。
封顶线为50000元，即新型农村合作医疗基金为每个人在1年内住院医疗费累计补偿总额不超过50000元。
参加新型农村合作医疗的农民每次住院的医疗费用在起付线以下时由个人负担，超过起付线后的医疗费用从新型农村合作医疗住院基金中按比例补偿：
（一）在镇级定点医疗机构住院治疗，医疗费用在80元以上的部分补偿 80%；
（二）在市中医院住院治疗，医疗费用在100元以上的部分补偿70%；
（三）在市妇幼保健院住院治疗，医疗费用在150元以上的部分补偿65%；
（四）在市一医院、市二医院、市三医院、泰康医院、南城卫生院城区部、开发区卫生院、卫校附院、爱普眼科医院住院治疗，医疗费用在200元以上的部分补偿60%；
（五）在市外医疗机构住院治疗，医疗费用在501元至至5000元（含5000元）部分补偿40%；5000元以上的部分补偿45%。
参加新型农村合作医疗的孕产妇住院分娩每人补偿350元。
参合农民因危、急、重症等情况在门诊实施紧急抢救后住院的，其门诊紧急抢救费并入住院费用中报销；参合农民在一年内患同一种疾病连续转院治疗的，只计算其中最高级别医院的一次起付线；农村五保户、低保户、特困优抚对象取消住院起付线标准。
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