一是保险属性不同。大病医保属于社会保险范畴，具有保障性，不以盈利为目的；商业重疾险属于商业保险范畴，是社会医疗保障体系的重要组成部分。二是保障对象不同。《意见》明确指出，大病医保保障对象为城镇居民医保、新农合的参保(合)人；商业重疾险的对象是自然人，自愿投保，只要投保人及被保险人符合保险公司的规定，并愿意履行合同条款即可。三是保障内容不同。大病医保主要在参保(合)人患大病发生高额医疗费用的情况下，对城镇居民医保、新农合补偿后，需个人负担的合规医疗费用给予保障；商业重疾险是按照商业保险公司条款约定，被保险人罹患合同约定的重大疾病病种后即可申请赔付。四是缴费方式不同。《意见》明确指出，大病医保所需资金，从城镇居民医保基金、新农合基金中划拨，原则上不再额外增加群众个人缴费负担；商业重疾险完全是由投保个人负担。五是赔付条件不同。大病医保报销前提是参保人产生了实际住院花销且发生了高额医疗费用才能报销；商业重疾险是等待期后被保险人患条款约定的重大疾病时，凭相关医学证明材料即可申请重大疾病保险金。
同时，李继军认为，二者都具有保险保障功能且相辅相成。不管是大病医保，还是商业重疾险，都是被保险人遇到风险后能够获得一定的补偿，因而都是为被保险群体服务的，都力图保障被保险人免受风险。不仅如此，二者的功能相辅相成，社会保险抵御风险的功能是基本的，商业重疾险对社会保险起到辅助的、补充的作用。
大病医保有利商业保险
大病医保制度实施后，是否会对商业重疾险造成冲击？李继军表示，由于大病医保是费用补偿型保险，而商业重疾险属于定额给付型险种，所以不会有任何冲击；而且，国家推出大病医保，力求解决因病致贫、因病返贫，警示人民群众疾病给个人、家庭带来的灾害，提高了人民群众的风险防范意识，更加有助于商业保险的开展。
同时，对于购买了商业重疾险的消费者而言，所患疾病若符合大病医保的条件，在费用报销等方面也不会有冲突。大病医保是根据参保人住院实际花费的高额费用进行的“二次报销”，申请赔付时需提供相关住院材料及发票；商业重疾险申请理赔时只需提供被保险人罹患重大疾病的医学证明材料，而不需要住院相关医疗费用发票。
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