职工医疗保险基金支出的核算，首先应掌握医疗保险基金的开支范围和标准，按照现行政策规定的列支渠道进行核算。按照《扩大试点意见》的规定，医疗保险费的支付对象不同，医疗保险费的支付方法也不同。
1.在职职工医疗费用的支付方法
按照规定，在职职工医疗费用先由个人医疗帐户支付，个人帐户用完后，夹由个人自付，按年度计算。自付的医疗费超过本人年工资收入5%以上部分，由社会统筹基金支付，但个人仍要负担一定比例。个人负担的比例随医疗费用的升高而降低；超过本人年工资收入5%以上，但不足5000元的部分，个人负担10%～20%；5000元至10000元的部分，个人负担8%～10%；超过10000元的部分，个人负担2%～5%.各试点城市人民政府可根据实际情况确定社会统筹医疗基金所能支付的最高医疗费用限额，超过限额的医疗费用由各试点城市探索其他解决办法。
2.退休人员医疗保险费的支付办法
按照规定，职工退休后个人不再缴纳医疗保险费，退休人员的医疗费凡建有个人帐户的，先由个人医疗帐户支付；没有建立个人医疗帐户或个人医疗帐户用完后，由社会统筹医疗基金支付，但个人要负担一部分；退休人员个人负担的比例为在职职工的一半。
3.离休人员、老红军医疗保险费的支付方法
按照规定，离休人员和老红军不设个人医疗帐户，个人也不缴纳医疗保险费。离休人员和老工军医疗保险费从职工医疗保险基金中划出的“离休人员医疗基金”中支付。
4.特殊人员医疗保险费的支付方法
按照规定，职工患有国家认定的特殊病种或实施计划生育手术及其后遗症所需医疗费用，由社会统筹医疗基金支付。二等乙级以上革命伤残军人，不设个人医疗帐户，个人也不缴纳医疗保险费，医疗费用由社会统筹医疗基金支付。
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